两年前，杜正宇在做CT扫描，检测出脑部患病。觉得时日不多的杜正宇，通过那个黑衣女子，发现了白夜村事件官方确认的七名幸存者中，还活着的两个人。但其中一名叫金善玉的女子，在饱受被人追逐，又精神病院折磨以后，当又一批人来找她的时候，她在杜正宇面前自杀了。杜正宇在一次办案中，看到与歹徒奋勇搏斗，打得对手落花流水的孔慧媛。在她身上感受到一种自己也不明确的东西。于是在组建特搜队的时候，他不顾黄炳哲(金元海 饰)和女部长的反对，坚持让孔慧媛加入。直到杜正宇发现，孔慧媛的父亲是白夜生物科技的所长孔一道博士，他才明白自己当初的感觉是什么。也因为这样，他不仅拒绝了孔慧媛的感情，还想把她调离。但此时此刻，杜正宇只能作为生病的嫌犯，躺在医院病床上，他被诊断为脑软化症。杜正宇的病房外守着两个警察，病房内，孔慧媛难过地守着他。杰米来看杜正宇，见他正在昏睡状态，劝旁边伤心的孔慧媛去休息一下，然后自己就离开了。孔慧媛走出病房，到洗手间平复一下情绪。就在这时，病房外的警察忽然接到命令，要他们下楼集结。两个人急忙离去。而这时一名杀手乘机进入杜正宇病房。杀手试图杀死杜正宇，却被杜正宇反杀。但在搏斗时突然仿佛有人控制了他的脑电波，让他顿时无力，以致也受了伤。虽然还是干掉了杀手，但杜正宇明白此地已不安全，他乔装离开病房，正发现有更多的杀手赶过来。他急忙隐藏起来。这时孔慧媛走出洗手间，正要去病房，被杜正宇拉住。两个人跑下楼梯，杀手发现后围追堵截。在与杀手一番搏斗后，杜正宇和孔慧媛逃出医院，但孔慧媛随即给杜正宇戴上手铐，要带他回警察厅。警察厅正一片忙乱，寻找不见了的杜正宇。杜正宇失踪的消息也被那些杀手报告了他们的老板，那就是吴正焕(金太祐 饰)，他还得知，是孔一道的女儿和杜正宇一起逃掉的。警察厅正混乱，杜正宇却和孔慧媛回到了这里。在审讯室里，杜正宇一副痛苦的样子，请求孔慧媛给自己解开手铐。孔慧媛心软帮他打开手铐，没想到杜正宇反过来就把孔慧媛铐起来，自己离去。发现杜正宇又逃了，警察厅又开始在自家大楼内大肆搜索他。杰米判断，杜正宇是故意任由孔慧媛逮捕他，为的就是返回警察厅。他为什么这么做？只能是要找他留在这里的什么东西。特搜队兵分两路。杰米和孔慧媛去女部长办公室，因为杜正宇第一次消失的时候，女部长就命令把杜正宇留在警察厅的个人物品统统收缴，那些物品此时就堆放在部长办公室。张志苑和尹硕弼(崔大哲 饰)则去网络部门，杜正宇的一台笔记本电脑被送去那里。可是网络部门负责人之前跟特搜队结了梁子，此时借故推三阻四。好不容易要松口，却又忽然接到一条手机信息，这负责人看过之后，立刻把张志苑和尹硕弼赶出门去。然后他自己拿着一把刀出门去了。杰米和孔慧媛偷偷打开部长办公室的门锁，进入搜寻。杜正宇随后也来了，三个人又发生对峙。这时女部长回来，杜正宇、杰米、孔慧媛赶紧躲起来。等女部长离开，孔慧媛把自己和杜正宇铐在一起。杰米这时质问杜正宇到底知道些什么？杜正宇这时却偷了孔慧媛的手铐钥匙，打开手铐，又把孔慧铐在桌腿上。这时能帮孔慧媛的只有杰米。可是杜正宇对她说白夜村的事你想知道答案吗？给我五分钟。杰米和杜正宇达成交易，放他离开。杜正宇来到外面，却遭遇了那个网络负责人，两个人搏斗起来。杜正宇仿佛又被脑电波干扰，全身无力，被负责人刺了一刀。这时杰米和孔慧媛赶来，负责人才离去。杜正宇带伤逃跑，来到了那个地下制药厂，倒在那个小时候救过他的老头面前。